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黔东南州中医医院是全州唯一的集中医、民族医及中西医结合医疗、教学、科研、保健为一体的现代化三级甲等中医医院，下辖黔东南州民族医药研究院及其附属苗医医院，是贵州中医药大学非直管附属医院，国家中医住院医师规范化培训基地，贵州省“西医学中医”培训基地，戴永生全国名中医传承工作室黔东南州工作站。

医院编制床位400张，实际开放近600张。全院在岗职工676人，其中专业技术人员601人，正高职称30人，副高职称41人，中级职称203人，省中医药传承人2人。

全院共设17个病区34个专业。专业设置包括肾病科（含血透中心）、肿瘤科、内分泌病科、心血管病科、脑病科、风湿病科、肺病科、脾胃病科、儿科、普外科、肛肠科、泌外科、胸外科、烧伤科、骨伤科、脑外科、针灸推拿康复科、妇产科、眼科等。门诊科室设有内科、外科、儿科、针灸科、妇产科、骨伤科、肛肠科、眼耳鼻喉科、皮肤科、口腔科、苗医苗药科、急诊科、治未病科、体检中心和全州唯一的生殖医学中心。

在临床科室中，苗医肺科是国家中医药管理局“十一五”重点专科和贵州省东部区域中医诊疗中心；针灸科是国家中医药管理局“十二五”重点培育专科和贵州省东部区域中医诊疗中心；骨伤科是贵州省中医药管理局重点专科，是贵州省“十四五”中医药民族医药重点培育学科；针灸科、苗医肛肠科、眩晕病专科及泌尿外科是贵州省中医药管理局重点建设专科；脾胃病学科是贵州省首批民族医学重点建设学科。